Ohne es zu wissen, landet Chekov (Walter Koenig) auf dem Planeten, auf den Kirk (William Shatner) in der Folge "Der schlafende Tiger" einst Khan (Ricardo Montalban) verbannte. Der zwingt den Russen, seinen Ex-Captain herzulocken. Zugleich hat Khan es auf das Projekt Genesis abgesehen, das Kirks einstige Liebe Dr. Carol Marcus (Bibi Besch) zusammen mit ihrem (und seinem) Sohn David (Merritt Butrick) leitet. Es soll die Schöpfung fruchtbarer Welten auf öden Planeten ermöglichen. Als Kirk mit einer Enterprise voller Neulinge eintrifft, gfreit ein Föderations-Schiff an. Khan führt dort das Kommando...

Montalban läßt die Figur des Khan mit einem Zorn und einer Intensität wiederauferstehen, die den anderen Darstellern die Schau stiehlt und unvergessen geblieben ist. Regisseur Nicholas Meyer verlieh dem Film zusätzliche Spannung, indem er "Star Trek 2" den Touch eines dramatischen Hochseeabenteuers gab. Das Raumschiff Enterprise wird bombadiert wie nie zuvor. Als schließlich Spock nach Kahns mörderischem Angriff auf das Raumschiff stirbt, bleibt den Fans vor Schreck fast das Herz stehen.