Langstreckensensoren eines Außenposten melden ein Borg-Schiff im Anflug auf die Erde. Der schlimmste Feind des Alpha-Quadranten ist zurückgekehrt. Da das Sternenflottenkommando befürchtet, dass Captain Picard, der ja schon einmal von den Borg gekidnappt und assimiliert wurde, ein instabiles Element in einer Schlacht wäre, wird die Enterprise-E (das Nachfolgemodell der im "Treffen der Generationen " abgestürzten Enterprise-D) weitab an die romulanische Grenze geschickt. Als jedoch Subraummeldungen über den schlechten Verlauf der Schlacht eintreffen, beschließt Picard sich über die Starfleet-Befehle hinwegzusetzen und fliegt zur Erde. Dort übernimmt er das Kommando über die Flotte und es gelingt schließlich den Borg-Würfel durch Picards Wissen um dessen Schwachpunkt zu zerstören. Kurz vor der Explosion des Borg-Schiffes löst sich jedoch ein kleineres Schiff daraus, das eine temporale Verzerrung verursacht und schließlich in dieser verschwindet. Der Enterprise, direkt hinter dem Borg-Rettungsschiff ebenfalls im temporalen Sog gefangen, zeigt sich plötzlich eine völlig veränderte Erde. Die Sensoren bestätigen eine Bevölkerung von neun Milliarden - alle Borg. Picard befiehlt, dem Borgschiff in die temporale Verzerrung zu folgen, um die, offensichtlich in der Vergangenheit erfolgte, Assimilation der Erde rückgängig zu machen. Auf der anderen Seite der Verzerrung trifft die Enterprise wieder auf das kleine Borg-Schiff, das auf einen bestimmten Punkt in Nordamerika zu feuern scheint und zerstört es. Laut Datas Analyse befinden sie sich im Jahr 2063, dem Jahr in dem der erste Kontakt zwischen Menschen und einer außerirdischen Rasse stattfand. Unerlässlich für diesen ersten Kontakt war der Erfinder des Warp Antriebs, Zefram Cochran, und sein erster Warpflug, der die Aufmerksamkeit der Aliens erweckte. Die Borg waren also gekommen, um diesen Flug und damit den ersten Kontakt zu verhindern und die Erde, vom dritten Weltkrieg geschwächt, zu assimilieren. Captain Picard beamt sich mit einem Außenteam zu eben jenem Raketen-Abschußgelände in Montana, von dem Cochran in einigen Tagen seinen Flug starten sollte und das das Ziel des Borg-Beschusses gewesen war. Picard und Data finden Cochrans Schiff, die Phoenix, nur leicht beschädigt vor, doch von Cochran selbst fehlt jede Spur. Während Commander Riker, Counselor Troi und der Rest des Außenteams auf der Erde bleiben, um nach Cochran zu suchen und das Warpschiff zu reparieren, beamen Picard und Data auf die Enterprise zurück. Dort zeigen sich schon bald seltsame Veränderungen, der Kontakt zu Deck 16 bricht ab und die Crew entdeckt, dass es einigen Borg gelungen war vor der Zerstörung ihres Schiffes auf die Enterprise zu beamen. Nun beginnen sie mit der Assimilation der Besatzung...

Die folgende Handlung ist zweigeteilt. Da der Kontakt mit dem Außenteam abgerissen ist, wissen Commander Riker, Troi und der Rest nichts von den Borg auf der Enterprise. Sie finden schließlich Zefram Cochran, der sich allerdings nicht als der Visionär und Abenteurer herausstellt, zu dem ihn die Geschichte gemacht hat und der erst zu seiner historischen Rolle überredet werden muss. Unterdessen herrscht auf der Enterprise Krieg. Die Besatzung kämpft in Phaserfeuerschlachten gegen die Borg an, doch es werden immer mehr Crewmitglieder assimiliert und schließlich auch Data gefangen genommen. Dieser trifft daraufhin auf die Borg-Queen, die kryptisch andeutet, nicht die Führerin der Borg, sondern das Kollektiv selbst zu sein...