Die Klingonen sind nach der Zerstörung Ihrer Ozonschicht gewzungen, die militärischen Ausgaben drastisch zu senken. Als die Enterprise das Schiff des klingonischen Kanzlers Gorkon zu einer Friedenskonferenz begleitet, wird darauf gefeuert. Killer werden an Bord gebeamt und richten ein Bludbad an - der Kanzler stirbt! Da die Mörder von der Enterprise gekommen zu sein scheinen, wird Kirk als vermeintlicher Drahtzieher von einem klingonischen Gericht zu lebenslanger Zwangsarbeit verurteilt. Fieberhaft sucht Spock nach den wahren Tätern...

Der sechste Film liefert eine gute Chronologie der Ereignisse, die zur Allianz zwischen den Klingonen und der Föderation geführt haben. Es ist der allerletzte Film mit der vollständigen Classic-Crew.